故事发生在抗战时期，在国家民族巨大的动荡之中，一位名叫肖途的青年从日本帝国大学毕业，踏上了回国的征程。
来到上海后，肖途立刻来到恩师方汉州家中拜访，还见到了多年未见的师妹方敏，她也是恩师的女儿。但这次会面并不温馨，也丝毫没有情义可言。肖途和方汉州大吵一架，愤然离开。
这一切都是表面功夫。肖途的使命是在成为地下共产党在日方领事馆的眼线，为此，他必须要背叛师门，成为一名“汉奸”。
当然，在屏幕这一边的你我也可以做出其他选择，就像游戏中说的那样， “革命不一定非得需要站在前线。”《隐形守护者》是一部真人互动电影，你可以为主角选择不同的行为，并承担后果。每一次选择都会造成不同的结果，并最终导向多个完全不同的大结局。
肖途需要同时扮演黑白两张脸，而他珍视的人也会因此离去，在这个隐秘的战场上，成功骗过敌人，有时需要先骗过自己。无处不在的危险也会随时令潜伏的任务失败、身份暴露而导致剧情无法继续。
不过，也不要因为畏惧坏的结局而畏首畏尾，有些选择项有时间限制，你必须尽快作出决断。而即便因为选择而产生了不好的结果也不用担心，游戏中的各种支线一目了然，你随时可以重新选择。收集不同的结局也是游戏的乐趣之一。
《隐形守护者》制作精良，剧情跌宕起伏。在游戏中，你可以随时改变人物的命运，而在真正的历史上，那些逝去的人却只能面对唯一的结局。生命可贵而沉重，而任务和大义也必须完成。在夹缝中的你我，将如何选择？