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La revista Biomédica aparece reseñada en Index Medicus/Medline de la National Library of Medicine, en el Science Citation Index Expanded (also known as SciSearch®) y Journal Citation Reports/Science Edition de Thomson Scientific, en SciELO Colombia(Scientific Electronic Library Online), en el índice de la Literatura Latinoamericana en Ciencias de la Salud (LILACS), en la Red de Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal (RedAlyC), en el Índice Mexicano de Revistas Biomédicas Latinoamericanas (Imbiomed), en Scopus de Elsevier B.V., en el Sistema de Información Bibliográfica Regional Andina (SIBRA), en CAB Abstracts, Review of Medical and Veterinary Entomology, y forma parte del Índice Nacional de Publicaciones Seriadas Científicas y Tecnológicas Colombianas de Colciencias y del Índice Latinoamericano de Revistas Científicas y Tecnológicas (LATINDEX).

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