目を覚ますと、ベッドの上で、家族に見守られていました。しかし、何も思い出せません。頭にケガを負い、記憶を失った「私」は誰なのか。なぜ記憶を失うような出来事に遭ったのか。その秘密を、「私」が残した日記の暗号を解読しながら、少しずつ取り戻していくのが「ザウェイク」です。
ゲームは反転フラップ式の、パタパタとめくれながら文字を表示する、不思議な機械の中に残された日記を読むことで進んでいきます。しかし、日記の一部は暗号化されていて、そのままでは読むことができません。暗号化されたページには、解読するためのヒントを記したメモが残されているので、それを手がかりに、復号していきます。

暗号は、シーザー暗号やキーワード暗号といった、復号のためのルールが決まっているものを使用しています。
シーザー暗号とは、アルファベットの文字を一定数分ずらすことで解読できる、単一換字式と呼ばれる暗号です。例えば「3文字ずらす」というヒントがあれば、「D」と書かれている部分は実は「A」であり、「H」は「E」である、ということなので、この法則にのっとって文字をすべて置き換えれば、元の文章がわかるわけです。
ヒントのメモを頼りに、文字の順番をずらしたり、組み替えたりできるスライド式暗号機を操作して、どの文字がどの文字に対応するかを、画面下部の機械で指定していきましょう。5つの組み合わせを正解すると、文章が自動的に復号されます。

日記を順に読み解いていくと、機械の中に保存されていた古い写真なども取り出して見られるようになります。次第に明らかになる、祖父のこと、両親のこと、そして自分のこと。
過去に何があったかをすべて知るとき、あなたの胸には何が去来するでしょうか。